のんのんびよりの旭丘分校のモデルは埼玉県小川町の下里分校

全体的な雰囲気から西日本がモデルかなと思ったのですが(気動車が三木鉄道らしいし)、ツイッターに流れていた画像から旭丘分校のモデルは埼玉県小川町の下里分校の様です。
校舎外観とか

靴箱とか

タイヤを埋めたものとか

以下のサイトの写真と比較してみて下さい。
下里分校（憧憬の刻）

また最後に登場した桜の木のある丘は場所的には違いますがやはり埼玉県北部にある丸墓山古墳にちょっと似ています。

以下のサイトの写真と比較してみて下さい。
埼玉県小川町小学校下里分校 2012/4/18 : 写日記

東京からみたら似た方向にある程度ですけどね。